Ngay từ khi còn là học sinh tại trường học sinh miền Nam, Thanh Quế đã bắt đầu làm thơ. Bài thơ đầu tay "Em nhớ quê em" của ông năm 15 tuổi đã được Nhà xuất bản Phổ thông phát hành trong tập Gửi về quê mẹ. Đến năm 1962, hai bài thơ Đêm trời trong và Gửi ngoại yêu của ông lần lượt được đăng lên báo Văn học của Hội Nhà văn Việt Nam.[3]

Trong khoảng thời gian ông theo học trường Đại học tổng hợp Hà Nội, các bài thơ của ông đã được đăng lên nhiều báo lớn như Văn nghệ, Lao động và Tiền phong. Năm 1965, bài thơ Bà nội miền Nam của Thanh Quế được in vào tập thơ Sức mới của Nhà xuất bản Văn học.[3]

Cuối năm 1970, ông đi công tác về Sơn Tịnh, Quảng Ngãi. Trong khoảng thời gian này, ông đã cùng sinh hoạt với bộ đội, du kích, cán bộ địa phương, cho ra đời loạt thơ cách mạng như "Mẹ tôi đang gieo thóc", "Đằng trước có Mỹ lết", "Chúng ta cày"...[11][12] Sang năm 1971, do yêu cầu của cuộc sống chiến đấu, ông chuyển sang viết văn xuôi. Tác phẩm bút ký đầu tiên của ông là "Những em bé chăn bò Nhạn Phú". Từ sau Hiệp định Paris 1973, ông tiếp tục ông tiếp tục viết một loạt truyện ngắn như Mùa mưa, Những người du kích Gò Nổi và một số bài thơ như Thăm chồng, Trước nhà em sông Vu Gia.

Sau khi hòa bình lập lại, ông cho ra đời tập thơ Tên em, Khuôn mặt em (Nhà xuất bản Văn nghệ Giải phóng, in chung). Giữa năm 1977, ông được kết nạp vào Hội Nhà văn Việt Nam.[13] Sau khi vào hội, ông tiếp tục viết hàng loạt các tác phẩm, trong đó có tiểu thuyết Cát cháy đã đạt được giải thưởng của Hội Nhà văn và Trung ương Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh.[14]

Càng lớn tuổi, số lượng tác phẩm Thanh Quế viết ra càng nhiều, đặc biệt là các tác phẩm về các đồng đội cũ đã hy sinh trong chiến tranh. Các hồi ký của ông không chỉ có giá trị về văn học mà còn có giá trị về khảo cứu khi viết tường tận về những người đồng đội trong một thời kỳ lịch sử.[15]

Theo nhiều lời nhận xét, ông không chỉ là người dẫn đầu trong công tác văn chương ở Quảng Nam - Đà Nẵng mà còn là người nâng đỡ cho nhiều thế hệ nhà văn, nhà thơ như Nguyễn Kim Huy, Hồ Trung Tú, Bùi Tự Lực, Nguyễn Tam Mỹ.[16]